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Institut Catholique de Paris.
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Jacques Thomas était, selon Mgr. P. Batiffol « vif et riche assez pour se multiplier en tant d´efforts philologiques, trop grave pour être capable de se désintéresser du sens profond des choses de la Foi ».
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Aussi il choisit au sein de la toute nouvelle Ecole de Théologie (créée en 1878) de suivre les cours de l´abbé Louis Duchesne, et de l´abbé Paulin Martin.
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L´abbé Louis Duchesne, qui professait déjà à la Faculté des Lettres, enseigne l´histoire des origines chrétiennes, et l´étudie en faisant surtout appel aux ressources de la philologie, de l´épigraphie et de l´archéologie.
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Ses méthodes lui valent de fortes oppositions, il doit quitter l´Institut Catholique en 1885, et enseigne à l´Ecole des Hautes Etudes jusqu´en 1895, date à laquelle lui est proposée par l´Etat la direction de l´Ecole Française de Rome où il restera jusqu'à sa mort en 1922. Il sera élu à l´Académie Française en 1910, à la suite de la publication de son œuvre principale : « Histoire ancienne de l´Eglise », entre 1906 et 1910.
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L´abbé Paulin Martin, versé dans la connaissance des langues hébraïque et syriaque, «
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capable de rivaliser avec des érudits allemands dans la critique des manuscrits », inaugure le cours d´Ecriture Sainte et donne aux étudiants les premières notions de syriaque et d´hébreu.
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C´est dans le domaine de la langue et de la littérature syriaque que son cours demeure le plus solide. « Il est certainement l´homme de notre temps qui connaît le mieux les grammairiens syriens » écrit Renan.
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En 1881, en raison de sa mauvaise santé, il demande à être déchargé de ses cours. Le cours de syriaque est supprimé. Jacques Thomas devient son suppléant pour le cours d´hébreu, mais partant à Toulouse, il laisse sa place en novembre 1881 à M. l´abbé Alfred Loisy.
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En Ecriture sainte les étudiants de l´Ecole de Théologie de Paris, peuvent suivre le « grand cours » d´Ecriture Sainte de M. Vigouroux à Saint-Sulpice, qui en 1890 reprend définitivement la chaire de L´abbé P. Martin.
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